Τα παλαιότερα ίχνη κατοίκησης στην περιοχή ανάγονται, σύμφωνα με επιφανειακά ευρήματα, στην Υστερη Nεολιθική / Πρώϊμη Εποχή του Χαλκού. Ιδιαίτερα σημαντικό εύρημα για την περίοδο αυτή είναι ένα λίθινο ειδώλιο γυναικείας θεότητας που χρονολογείται γύρω στο 3000 π.X. και σήμερα βρίσκεται στο Βρετανικό Μουσείο. Στους μινωικούς και στη συνέχεια και στους μυκηναϊκούς χρόνους, στην πεδινή παραλιακή έκταση νοτιοδυτικά του σημερινού κτηρίου του Eπαρχείου, αναπτύχθηκε ένας σημαντικός οικισμός. Στους ιστορικούς χρόνους το Ποτίδαιον πρέπει να περιοριζόταν στην πεδινή έκταση γύρω από το λιμάνι. Τέλος, κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους, με τις ευνοϊκές συνθήκες που επεκράτησαν με την Pax Romana και χάρις στο φυσικό λιμάνι του, το Ποτίδαιον φαίνεται πως γνώρισε σημαντική ανάπτυξη, έτσι ώστε ο Kλαύδιος Πτολεμαίος να το χαρακτηρίζει τον 2ο αι. μ.X. ως πόλη. Η ανάπτυξη συνεχίστηκε και στους παλαιοχριστιανικούς χρόνους (4ος-6ος αι. μ.X.).